在進行環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)質量控制的過程中，應該對多元化的環(huán)境監(jiān)測數(shù)據(jù)進行比較，并且在此基礎上進行準確的校對，這樣才能順利的完成環(huán)境監(jiān)測工作。將整個環(huán)境監(jiān)測過程控制在質量監(jiān)測體系的范圍中，同時得到進一步的完善，促進質量控制體系的進一步發(fā)展。在環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)的應用中，需要嚴格對環(huán)境監(jiān)測任務，將系統(tǒng)控制手段得到進一步的落實。通常情況下，主要采用的控制手段有以下幾種。

一是對環(huán)境監(jiān)測時間以及頻次進行控制；

二是對環(huán)境監(jiān)測數(shù)據(jù)質量進行控制；

三是對環(huán)境監(jiān)測儀器予以進一步的校正；

四是對環(huán)境監(jiān)測儀器的性能進行審核；

五是對環(huán)境監(jiān)測儀器進行校準；

六是將環(huán)境監(jiān)測的數(shù)據(jù)審核工作落實。

但是，因在我國環(huán)境監(jiān)測技術規(guī)范中并未明確的劃分進行上述操作的明確責任范疇和權限的劃分，在環(huán)境監(jiān)測系統(tǒng)實際操作中很可能會導致責任重疊和責任空白的情況下發(fā)生。所以一些針對性的控制手段還需要不斷去完善。